Op een dag doet Nathan een vreemde ontdekking: een Yo-kai. Deze onzichtbare wezens leven in een dimensie die parallel loopt aan de menselijke wereld, maar komen vaak in onze realiteit terecht en veroorzaken problemen. Dankzij de Yo-kai Watch, een horloge waarmee je ze kunt zien, zal Nathans leven nooit meer hetzelfde zijn.