La prison dans laquelle se trouvait enfermé Sonic a été détruite. Chris a disparu et ses amis sont inquiets. Le jeune garçon se trouve en réalité dans l'espace à bord d'une station secrète, avec Shadow et Rouge. Le Dr Robotnik fait une démonstration de la puissance du Canon à Éclipse aux habitants de la Terre et menace de détruire la planète dans les 24h à suivre.