Après le combat mené contre le Chaos, la ville n'est plus qu'un champ de ruines. C'est pourquoi nos amis décident de se séparer le temps de mener des travaux de réfection dans la maison. De son côté, le Dr Robotnik découvre, en fouillant dans l'ordinateur des forces spéciales, que son grand-père a créé un projet intitulé « Shadow ». Il infiltre la base de ces mêmes forces pour le libérer.