I nostri eroi vengono invitati dal professor Gasparago Aralia a unirsi a lui nell’esplorazione di alcune rovine che potrebbero essere il luogo dove “l’Eroe” incontrò Zekrom in tempi remoti. Gasparago legge loro un passaggio dalla sezione diciotto del Capitolo delle Tenebre del libro dei miti Pokémon: “Quando l’Eroe trasformerà le tenebre in luce e il suo cuore diventerà tutt’uno con quello dei Pokémon, Zekrom discenderà e elargirà all’Eroe la sua forza”.